### #################################################################################################################### ### This is the input file for the RuNNer tutorial (POTENTIALS WORKSHOP 2021-03-10) ### This input file is intended for release version 1.2 ### RuNNer is hosted at www.gitlab.com. The most recent version can only be found in this repository. ### For access please contact Prof. Jörg Behler, joerg.behler@uni-goettingen.de ### ### #################################################################################################################### ### General remarks: ### - commands can be switched off by using the # character at the BEGINNING of the line ### - the input file can be structured by blank lines and comment lines ### - the order of the keywords is arbitrary ### - if keywords are missing, default values will be used and written to runner.out ### - if mandatory keywords or keyword options are missing, RuNNer will stop with an error message ### ######################################################################################################################## ######################################################################################################################## ### The following keywords just represent a subset of the keywords offered by RuNNer ######################################################################################################################## ######################################################################################################################## ######################################################################################################################## ### general keywords ######################################################################################################################## nn_type_short 1 # 1=Behler-Parrinello runner_mode 3 # 1=calculate symmetry functions, 2=fitting mode, 3=predicition mode number_of_elements 1 # number of elements elements Cu # specification of elements random_seed 10 # integer seed for random number generator random_number_type 6 # 6 recommended ######################################################################################################################## ### NN structure of the short-range NN ######################################################################################################################## use_short_nn # use NN for short range interactions global_hidden_layers_short 2 # number of hidden layers global_nodes_short 15 15 # number of nodes in hidden layers global_activation_short t t l # activation functions (t = hyperbolic tangent, l = linear) ######################################################################################################################## ### symmetry function generation ( mode 1): ######################################################################################################################## test_fraction 0.10000 # threshold for splitting between fitting and test set ######################################################################################################################## ### symmetry function definitions (all modes): ######################################################################################################################## cutoff_type 1 symfunction_short Cu 2 Cu 0.000000 0.000000 12.000000 symfunction_short Cu 2 Cu 0.006000 0.000000 12.000000 symfunction_short Cu 2 Cu 0.016000 0.000000 12.000000 symfunction_short Cu 2 Cu 0.040000 0.000000 12.000000 symfunction_short Cu 2 Cu 0.109000 0.000000 12.000000 symfunction_short Cu 3 Cu Cu 0.00000 1.000000 1.000000 12.000000 symfunction_short Cu 3 Cu Cu 0.00000 1.000000 2.000000 12.000000 symfunction_short Cu 3 Cu Cu 0.00000 1.000000 4.000000 12.000000 symfunction_short Cu 3 Cu Cu 0.00000 1.000000 16.000000 12.000000 symfunction_short Cu 3 Cu Cu 0.00000 -1.000000 1.000000 12.000000 symfunction_short Cu 3 Cu Cu 0.00000 -1.000000 2.000000 12.000000 symfunction_short Cu 3 Cu Cu 0.00000 -1.000000 4.000000 12.000000 symfunction_short Cu 3 Cu Cu 0.00000 -1.000000 16.000000 12.000000 ######################################################################################################################## ### fitting (mode 2):general inputs for short range AND electrostatic part: ######################################################################################################################## epochs 20 # number of epochs fitting_unit eV # unit for error output in mode 2 (eV or Ha) precondition_weights # optional precondition initial weights ######################################################################################################################## ### fitting options ( mode 2): short range part only: ######################################################################################################################## short_energy_error_threshold 0.10000 # threshold of adaptive Kalman filter short E short_force_error_threshold 1.00000 # threshold of adaptive Kalman filter short F kalman_lambda_short 0.98000 # Kalman parameter short E/F, do not change kalman_nue_short 0.99870 # Kalman parameter short E/F, do not change use_short_forces # use forces for fitting repeated_energy_update # optional: repeat energy update for each force update mix_all_points # do not change scale_symmetry_functions # optional center_symmetry_functions # optional short_force_fraction 0.01 # force_update_scaling -1.0 # ######################################################################################################################## ### output options for mode 2 (fitting): ######################################################################################################################## write_trainpoints # write trainpoints.out and testpoints.out files write_trainforces # write trainforces.out and testforces.out files ######################################################################################################################## ### output options for mode 3 (prediction): ######################################################################################################################## calculate_forces # calculate forces calculate_stress # calculate stress tensor