Commit 2b827c50 authored by Lauri Himanen's avatar Lauri Himanen
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Added initial functionality for opening cube files.

parent 39930754
......@@ -54,6 +54,7 @@ class CP2KCommonParser(CommonParser):
self.cache_service.add("map_kind_to_basis", single=False, update=False)
self.cache_service.add("map_index_to_kind", single=False, update=False)
self.cache_service.add("map_kind_number_to_basis_ref", single=False, update=False)
self.cache_service.add("electron_density_filename", single=False, update=True)
#===========================================================================
# SimpleMatchers
......@@ -191,6 +192,15 @@ class CP2KCommonParser(CommonParser):
SM( r" \*\*\* SCF run NOT converged \*\*\*",
adHoc=self.adHoc_single_point_not_converged
),
SM( r" The electron density is written in cube file format to the file:",
subMatchers=[
SM(""),
SM(
"\s+(.+\.cube)",
startReAction=self.startReAction_save_cube_filename,
),
]
),
SM( r" Electronic kinetic energy:\s+(?P<x_cp2k_electronic_kinetic_energy__hartree>{})".format(self.regexs.float)),
SM( r" **************************** NUMERICAL STRESS ********************************".replace("*", "\*"),
# endReStr=" **************************** NUMERICAL STRESS END *****************************".replace("*", "\*"),
......@@ -556,6 +566,10 @@ class CP2KCommonParser(CommonParser):
# Cell dependent basis mapping
self.cache_service.addValue("mapping_section_basis_set_cell_dependent")
# If a cube file was found, open it and store values.
filename = self.cache_service["electron_density_filename"]
absolute_filepath = self.parser_context.file_service.get_absolute_path_to_file(filename)
backend.closeSection("section_basis_set", scc_basis_id)
#===========================================================================
......@@ -736,3 +750,9 @@ class CP2KCommonParser(CommonParser):
def wrapper(parser, groups):
print(msg)
return wrapper
#=======================================================================
# StarReActions
def startReAction_save_cube_filename(self, backend, groups):
filename = groups[0]
self.cache_service["electron_density_filename"] = filename
-Quickstep-
ELECTRON DENSITY
8 0.000000 0.000000 0.000000
20 0.513127 0.000000 0.000000
20 0.000000 0.513127 0.000000
20 0.000000 0.000000 0.513127
14 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
14 0.000000 0.000000 5.131265 5.131265
14 0.000000 5.131265 5.131265 0.000000
14 0.000000 5.131265 0.000000 5.131265
14 0.000000 7.696898 2.565633 7.696898
14 0.000000 2.565633 2.565633 2.565633
14 0.000000 2.565633 7.696898 7.696898
14 0.000000 7.696898 7.696898 2.565633
0.79617E-04 0.11007E-01 0.46739E-01 0.58163E-01 0.41772E-01 0.24450E-01
0.13268E-01 0.68075E-02 0.32873E-02 0.15708E-02 0.10586E-02 0.15708E-02
0.32873E-02 0.68075E-02 0.13268E-01 0.24450E-01 0.41772E-01 0.58163E-01
0.46739E-01 0.11007E-01
0.11007E-01 0.25379E-01 0.54789E-01 0.58674E-01 0.41417E-01 0.24695E-01
0.13786E-01 0.73772E-02 0.38422E-02 0.20970E-02 0.15708E-02 0.20970E-02
0.38422E-02 0.73772E-02 0.13786E-01 0.24695E-01 0.41417E-01 0.58674E-01
0.54789E-01 0.25379E-01
0.46739E-01 0.54789E-01 0.63752E-01 0.56096E-01 0.39574E-01 0.25086E-01
0.15193E-01 0.91046E-02 0.56263E-02 0.38422E-02 0.32873E-02 0.38422E-02
0.56263E-02 0.91046E-02 0.15193E-01 0.25086E-01 0.39574E-01 0.56096E-01
0.63752E-01 0.54789E-01
0.58163E-01 0.58674E-01 0.56096E-01 0.47203E-01 0.35546E-01 0.25086E-01
0.17319E-01 0.12215E-01 0.91046E-02 0.73772E-02 0.68075E-02 0.73772E-02
0.91046E-02 0.12215E-01 0.17319E-01 0.25086E-01 0.35546E-01 0.47203E-01
0.56096E-01 0.58674E-01
0.41772E-01 0.41417E-01 0.39574E-01 0.35546E-01 0.30110E-01 0.24695E-01
0.20364E-01 0.17319E-01 0.15193E-01 0.13786E-01 0.13268E-01 0.13786E-01
0.15193E-01 0.17319E-01 0.20364E-01 0.24695E-01 0.30110E-01 0.35546E-01
0.39574E-01 0.41417E-01
0.24450E-01 0.24695E-01 0.25086E-01 0.25086E-01 0.24695E-01 0.24450E-01
0.24695E-01 0.25086E-01 0.25086E-01 0.24695E-01 0.24450E-01 0.24695E-01
0.25086E-01 0.25086E-01 0.24695E-01 0.24450E-01 0.24695E-01 0.25086E-01
0.25086E-01 0.24695E-01
0.13268E-01 0.13786E-01 0.15193E-01 0.17319E-01 0.20364E-01 0.24695E-01
0.30110E-01 0.35546E-01 0.39574E-01 0.41417E-01 0.41772E-01 0.41417E-01
0.39574E-01 0.35546E-01 0.30110E-01 0.24695E-01 0.20364E-01 0.17319E-01
0.15193E-01 0.13786E-01
0.68075E-02 0.73772E-02 0.91046E-02 0.12215E-01 0.17319E-01 0.25086E-01
0.35546E-01 0.47203E-01 0.56096E-01 0.58674E-01 0.58163E-01 0.58674E-01
0.56096E-01 0.47203E-01 0.35546E-01 0.25086E-01 0.17319E-01 0.12215E-01
0.91046E-02 0.73772E-02
0.32873E-02 0.38422E-02 0.56263E-02 0.91046E-02 0.15193E-01 0.25086E-01
0.39574E-01 0.56096E-01 0.63752E-01 0.54789E-01 0.46739E-01 0.54789E-01
0.63752E-01 0.56096E-01 0.39574E-01 0.25086E-01 0.15193E-01 0.91046E-02
0.56263E-02 0.38422E-02
0.15708E-02 0.20970E-02 0.38422E-02 0.73772E-02 0.13786E-01 0.24695E-01
0.41417E-01 0.58674E-01 0.54789E-01 0.25379E-01 0.11007E-01 0.25379E-01
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0.38422E-02 0.20970E-02
0.10586E-02 0.15708E-02 0.32873E-02 0.68075E-02 0.13268E-01 0.24450E-01
0.41772E-01 0.58163E-01 0.46739E-01 0.11007E-01 0.79617E-04 0.11007E-01
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0.38422E-02 0.20970E-02
0.32873E-02 0.38422E-02 0.56263E-02 0.91046E-02 0.15193E-01 0.25086E-01
0.39574E-01 0.56096E-01 0.63752E-01 0.54789E-01 0.46739E-01 0.54789E-01
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0.68075E-02 0.73772E-02 0.91046E-02 0.12215E-01 0.17319E-01 0.25086E-01
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0.56096E-01 0.47203E-01 0.35546E-01 0.25086E-01 0.17319E-01 0.12215E-01
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0.30110E-01 0.35546E-01 0.39574E-01 0.41417E-01 0.41772E-01 0.41417E-01
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0.15193E-01 0.13786E-01
0.24450E-01 0.24695E-01 0.25086E-01 0.25086E-01 0.24695E-01 0.24450E-01
0.24695E-01 0.25086E-01 0.25086E-01 0.24695E-01 0.24450E-01 0.24695E-01
0.25086E-01 0.25086E-01 0.24695E-01 0.24450E-01 0.24695E-01 0.25086E-01
0.25086E-01 0.24695E-01
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0.91046E-02 0.12215E-01 0.17319E-01 0.25086E-01 0.35546E-01 0.47203E-01
0.56096E-01 0.58674E-01
0.46739E-01 0.54789E-01 0.63752E-01 0.56096E-01 0.39574E-01 0.25086E-01
0.15193E-01 0.91046E-02 0.56263E-02 0.38422E-02 0.32873E-02 0.38422E-02
0.56263E-02 0.91046E-02 0.15193E-01 0.25086E-01 0.39574E-01 0.56096E-01
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0.11007E-01 0.25379E-01 0.54789E-01 0.58674E-01 0.41417E-01 0.24695E-01
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0.10427E-01 0.11470E-01
0.73772E-02 0.97811E-02 0.13562E-01 0.19176E-01 0.27632E-01 0.39574E-01
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