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nomad-lab
parser-cp2k
Commits
2b827c50
Commit
2b827c50
authored
Apr 18, 2018
by
Lauri Himanen
Browse files
Added initial functionality for opening cube files.
parent
39930754
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Side-by-side
parser/parser-cp2k/cp2kparser/versions/cp2k262/commonparser.py
View file @
2b827c50
...
...
@@ -54,6 +54,7 @@ class CP2KCommonParser(CommonParser):
self
.
cache_service
.
add
(
"map_kind_to_basis"
,
single
=
False
,
update
=
False
)
self
.
cache_service
.
add
(
"map_index_to_kind"
,
single
=
False
,
update
=
False
)
self
.
cache_service
.
add
(
"map_kind_number_to_basis_ref"
,
single
=
False
,
update
=
False
)
self
.
cache_service
.
add
(
"electron_density_filename"
,
single
=
False
,
update
=
True
)
#===========================================================================
# SimpleMatchers
...
...
@@ -191,6 +192,15 @@ class CP2KCommonParser(CommonParser):
SM
(
r
" \*\*\* SCF run NOT converged \*\*\*"
,
adHoc
=
self
.
adHoc_single_point_not_converged
),
SM
(
r
" The electron density is written in cube file format to the file:"
,
subMatchers
=
[
SM
(
""
),
SM
(
"\s+(.+\.cube)"
,
startReAction
=
self
.
startReAction_save_cube_filename
,
),
]
),
SM
(
r
" Electronic kinetic energy:\s+(?P<x_cp2k_electronic_kinetic_energy__hartree>{})"
.
format
(
self
.
regexs
.
float
)),
SM
(
r
" **************************** NUMERICAL STRESS ********************************"
.
replace
(
"*"
,
"\*"
),
# endReStr=" **************************** NUMERICAL STRESS END *****************************".replace("*", "\*"),
...
...
@@ -556,6 +566,10 @@ class CP2KCommonParser(CommonParser):
# Cell dependent basis mapping
self
.
cache_service
.
addValue
(
"mapping_section_basis_set_cell_dependent"
)
# If a cube file was found, open it and store values.
filename
=
self
.
cache_service
[
"electron_density_filename"
]
absolute_filepath
=
self
.
parser_context
.
file_service
.
get_absolute_path_to_file
(
filename
)
backend
.
closeSection
(
"section_basis_set"
,
scc_basis_id
)
#===========================================================================
...
...
@@ -736,3 +750,9 @@ class CP2KCommonParser(CommonParser):
def
wrapper
(
parser
,
groups
):
print
(
msg
)
return
wrapper
#=======================================================================
# StarReActions
def
startReAction_save_cube_filename
(
self
,
backend
,
groups
):
filename
=
groups
[
0
]
self
.
cache_service
[
"electron_density_filename"
]
=
filename
regtests/cp2k_2.6.2/cube/single_point_default_name/Si_bulk8-ELECTRON_DENSITY-1_0.cube
0 → 100644
View file @
2b827c50
-Quickstep-
ELECTRON DENSITY
8 0.000000 0.000000 0.000000
20 0.513127 0.000000 0.000000
20 0.000000 0.513127 0.000000
20 0.000000 0.000000 0.513127
14 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
14 0.000000 0.000000 5.131265 5.131265
14 0.000000 5.131265 5.131265 0.000000
14 0.000000 5.131265 0.000000 5.131265
14 0.000000 7.696898 2.565633 7.696898
14 0.000000 2.565633 2.565633 2.565633
14 0.000000 2.565633 7.696898 7.696898
14 0.000000 7.696898 7.696898 2.565633
0.79617E-04 0.11007E-01 0.46739E-01 0.58163E-01 0.41772E-01 0.24450E-01
0.13268E-01 0.68075E-02 0.32873E-02 0.15708E-02 0.10586E-02 0.15708E-02
0.32873E-02 0.68075E-02 0.13268E-01 0.24450E-01 0.41772E-01 0.58163E-01
0.46739E-01 0.11007E-01
0.11007E-01 0.25379E-01 0.54789E-01 0.58674E-01 0.41417E-01 0.24695E-01
0.13786E-01 0.73772E-02 0.38422E-02 0.20970E-02 0.15708E-02 0.20970E-02
0.38422E-02 0.73772E-02 0.13786E-01 0.24695E-01 0.41417E-01 0.58674E-01
0.54789E-01 0.25379E-01
0.46739E-01 0.54789E-01 0.63752E-01 0.56096E-01 0.39574E-01 0.25086E-01
0.15193E-01 0.91046E-02 0.56263E-02 0.38422E-02 0.32873E-02 0.38422E-02
0.56263E-02 0.91046E-02 0.15193E-01 0.25086E-01 0.39574E-01 0.56096E-01
0.63752E-01 0.54789E-01
0.58163E-01 0.58674E-01 0.56096E-01 0.47203E-01 0.35546E-01 0.25086E-01
0.17319E-01 0.12215E-01 0.91046E-02 0.73772E-02 0.68075E-02 0.73772E-02
0.91046E-02 0.12215E-01 0.17319E-01 0.25086E-01 0.35546E-01 0.47203E-01
0.56096E-01 0.58674E-01
0.41772E-01 0.41417E-01 0.39574E-01 0.35546E-01 0.30110E-01 0.24695E-01
0.20364E-01 0.17319E-01 0.15193E-01 0.13786E-01 0.13268E-01 0.13786E-01
0.15193E-01 0.17319E-01 0.20364E-01 0.24695E-01 0.30110E-01 0.35546E-01
0.39574E-01 0.41417E-01
0.24450E-01 0.24695E-01 0.25086E-01 0.25086E-01 0.24695E-01 0.24450E-01
0.24695E-01 0.25086E-01 0.25086E-01 0.24695E-01 0.24450E-01 0.24695E-01
0.25086E-01 0.25086E-01 0.24695E-01 0.24450E-01 0.24695E-01 0.25086E-01
0.25086E-01 0.24695E-01
0.13268E-01 0.13786E-01 0.15193E-01 0.17319E-01 0.20364E-01 0.24695E-01
0.30110E-01 0.35546E-01 0.39574E-01 0.41417E-01 0.41772E-01 0.41417E-01
0.39574E-01 0.35546E-01 0.30110E-01 0.24695E-01 0.20364E-01 0.17319E-01
0.15193E-01 0.13786E-01
0.68075E-02 0.73772E-02 0.91046E-02 0.12215E-01 0.17319E-01 0.25086E-01
0.35546E-01 0.47203E-01 0.56096E-01 0.58674E-01 0.58163E-01 0.58674E-01
0.56096E-01 0.47203E-01 0.35546E-01 0.25086E-01 0.17319E-01 0.12215E-01
0.91046E-02 0.73772E-02
0.32873E-02 0.38422E-02 0.56263E-02 0.91046E-02 0.15193E-01 0.25086E-01
0.39574E-01 0.56096E-01 0.63752E-01 0.54789E-01 0.46739E-01 0.54789E-01
0.63752E-01 0.56096E-01 0.39574E-01 0.25086E-01 0.15193E-01 0.91046E-02
0.56263E-02 0.38422E-02
0.15708E-02 0.20970E-02 0.38422E-02 0.73772E-02 0.13786E-01 0.24695E-01
0.41417E-01 0.58674E-01 0.54789E-01 0.25379E-01 0.11007E-01 0.25379E-01
0.54789E-01 0.58674E-01 0.41417E-01 0.24695E-01 0.13786E-01 0.73772E-02
0.38422E-02 0.20970E-02
0.10586E-02 0.15708E-02 0.32873E-02 0.68075E-02 0.13268E-01 0.24450E-01
0.41772E-01 0.58163E-01 0.46739E-01 0.11007E-01 0.79617E-04 0.11007E-01
0.46739E-01 0.58163E-01 0.41772E-01 0.24450E-01 0.13268E-01 0.68075E-02
0.32873E-02 0.15708E-02
0.15708E-02 0.20970E-02 0.38422E-02 0.73772E-02 0.13786E-01 0.24695E-01
0.41417E-01 0.58674E-01 0.54789E-01 0.25379E-01 0.11007E-01 0.25379E-01
0.54789E-01 0.58674E-01 0.41417E-01 0.24695E-01 0.13786E-01 0.73772E-02
0.38422E-02 0.20970E-02
0.32873E-02 0.38422E-02 0.56263E-02 0.91046E-02 0.15193E-01 0.25086E-01
0.39574E-01 0.56096E-01 0.63752E-01 0.54789E-01 0.46739E-01 0.54789E-01
0.63752E-01 0.56096E-01 0.39574E-01 0.25086E-01 0.15193E-01 0.91046E-02
0.56263E-02 0.38422E-02
0.68075E-02 0.73772E-02 0.91046E-02 0.12215E-01 0.17319E-01 0.25086E-01
0.35546E-01 0.47203E-01 0.56096E-01 0.58674E-01 0.58163E-01 0.58674E-01
0.56096E-01 0.47203E-01 0.35546E-01 0.25086E-01 0.17319E-01 0.12215E-01
0.91046E-02 0.73772E-02
0.13268E-01 0.13786E-01 0.15193E-01 0.17319E-01 0.20364E-01 0.24695E-01
0.30110E-01 0.35546E-01 0.39574E-01 0.41417E-01 0.41772E-01 0.41417E-01
0.39574E-01 0.35546E-01 0.30110E-01 0.24695E-01 0.20364E-01 0.17319E-01
0.15193E-01 0.13786E-01
0.24450E-01 0.24695E-01 0.25086E-01 0.25086E-01 0.24695E-01 0.24450E-01
0.24695E-01 0.25086E-01 0.25086E-01 0.24695E-01 0.24450E-01 0.24695E-01
0.25086E-01 0.25086E-01 0.24695E-01 0.24450E-01 0.24695E-01 0.25086E-01
0.25086E-01 0.24695E-01
0.41772E-01 0.41417E-01 0.39574E-01 0.35546E-01 0.30110E-01 0.24695E-01
0.20364E-01 0.17319E-01 0.15193E-01 0.13786E-01 0.13268E-01 0.13786E-01
0.15193E-01 0.17319E-01 0.20364E-01 0.24695E-01 0.30110E-01 0.35546E-01
0.39574E-01 0.41417E-01
0.58163E-01 0.58674E-01 0.56096E-01 0.47203E-01 0.35546E-01 0.25086E-01
0.17319E-01 0.12215E-01 0.91046E-02 0.73772E-02 0.68075E-02 0.73772E-02
0.91046E-02 0.12215E-01 0.17319E-01 0.25086E-01 0.35546E-01 0.47203E-01
0.56096E-01 0.58674E-01
0.46739E-01 0.54789E-01 0.63752E-01 0.56096E-01 0.39574E-01 0.25086E-01
0.15193E-01 0.91046E-02 0.56263E-02 0.38422E-02 0.32873E-02 0.38422E-02
0.56263E-02 0.91046E-02 0.15193E-01 0.25086E-01 0.39574E-01 0.56096E-01
0.63752E-01 0.54789E-01
0.11007E-01 0.25379E-01 0.54789E-01 0.58674E-01 0.41417E-01 0.24695E-01
0.13786E-01 0.73772E-02 0.38422E-02 0.20970E-02 0.15708E-02 0.20970E-02
0.38422E-02 0.73772E-02 0.13786E-01 0.24695E-01 0.41417E-01 0.58674E-01
0.54789E-01 0.25379E-01
0.11007E-01 0.25379E-01 0.54789E-01 0.58674E-01 0.41417E-01 0.24695E-01
0.13786E-01 0.73772E-02 0.38422E-02 0.20970E-02 0.15708E-02 0.20970E-02
0.38422E-02 0.73772E-02 0.13786E-01 0.24695E-01 0.41417E-01 0.58674E-01
0.54789E-01 0.25379E-01
0.25379E-01 0.46492E-01 0.72081E-01 0.69451E-01 0.48956E-01 0.30110E-01
0.17453E-01 0.97811E-02 0.54165E-02 0.30905E-02 0.20970E-02 0.21905E-02
0.34393E-02 0.62520E-02 0.11470E-01 0.20364E-01 0.33929E-01 0.48494E-01
0.48980E-01 0.31016E-01
0.54789E-01 0.72081E-01 0.82807E-01 0.73331E-01 0.53758E-01 0.35546E-01
0.22186E-01 0.13562E-01 0.84107E-02 0.54165E-02 0.38422E-02 0.34393E-02
0.41936E-02 0.63318E-02 0.10427E-01 0.17319E-01 0.27632E-01 0.39929E-01
0.48115E-01 0.48980E-01
0.58674E-01 0.69451E-01 0.73331E-01 0.66743E-01 0.53758E-01 0.39574E-01
0.27632E-01 0.19176E-01 0.13562E-01 0.97811E-02 0.73772E-02 0.62520E-02
0.63318E-02 0.76284E-02 0.10427E-01 0.15193E-01 0.22186E-01 0.30926E-01
0.39929E-01 0.48494E-01
0.41417E-01 0.48956E-01 0.53758E-01 0.53758E-01 0.48956E-01 0.41417E-01
0.33929E-01 0.27632E-01 0.22186E-01 0.17453E-01 0.13786E-01 0.11470E-01
0.10427E-01 0.10427E-01 0.11470E-01 0.13786E-01 0.17453E-01 0.22186E-01
0.27632E-01 0.33929E-01
0.24695E-01 0.30110E-01 0.35546E-01 0.39574E-01 0.41417E-01 0.41772E-01
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