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Commit 131ad4a9 authored by Markus Scheidgen's avatar Markus Scheidgen
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Added actual parsers qbox, fleur, molcas, dmol. Other parser related fixed.... 

Added actual parsers qbox, fleur, molcas,  dmol. Other parser related fixed. Processing catching sys.exit in tasks and parsers.
parent fb04e0e0
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.gitmodules
View file @ 131ad4a9
......@@ -48,81 +48,108 @@
[submodule "dependencies/parsers/gaussian"]
path = dependencies/parsers/gaussian
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-gaussian.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/quantum-espresso"]
path = dependencies/parsers/quantum-espresso
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-quantum-espresso.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/abinit"]
path = dependencies/parsers/abinit
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-abinit.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/orca"]
path = dependencies/parsers/orca
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-orca.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/castep"]
path = dependencies/parsers/castep
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-castep.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/dl-poly"]
path = dependencies/parsers/dl-poly
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-dl-poly.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/lib-atoms"]
path = dependencies/parsers/lib-atoms
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-lib-atoms.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/octopus"]
path = dependencies/parsers/octopus
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-octopus.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/phonopy"]
path = dependencies/parsers/phonopy
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-phonopy.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/phonopy-library"]
path = dependencies/parsers/phonopy-library
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/phonopy.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/gpaw"]
path = dependencies/parsers/gpaw
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-gpaw.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/atk"]
path = dependencies/parsers/atk
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-atk.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/gulp"]
path = dependencies/parsers/gulp
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-gulp.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/siesta"]
path = dependencies/parsers/siesta
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-siesta.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/elk"]
path = dependencies/parsers/elk
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-elk.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/elastic"]
path = dependencies/parsers/elastic
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-elastic.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/gamess"]
path = dependencies/parsers/gamess
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-gamess.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/turbomole"]
path = dependencies/parsers/turbomole
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-turbomole.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/photoemission"]
path = dependencies/parsers/photoemission
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-photoemission.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/skeleton"]
path = dependencies/parsers/skeleton
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-skeleton.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/mpes"]
path = dependencies/parsers/mpes
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/rpx/parser-mpes.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/aptfim"]
path = dependencies/parsers/aptfim
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/mkuehbac/parser-aptfim.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/dmol3"]
path = dependencies/parsers/dmol3
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-dmol3.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/fleur"]
path = dependencies/parsers/fleur
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-fleur.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/molcas"]
path = dependencies/parsers/molcas
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-molcas.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/qbox"]
path = dependencies/parsers/qbox
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-qbox.git
branch = nomad-fair
[submodule "dependencies/parsers/onetep"]
path = dependencies/parsers/onetep
url = git@gitlab.mpcdf.mpg.de:nomad-lab/parser-onetep
url = https://gitlab.mpcdf.mpg.de/nomad-lab/parser-onetep.git
branch = nomad-fair
band @ cd354f06
Compare 71f7a2ad...cd354f06
Subproject commit 71f7a2ad0d77d376e30d3c1a8ae55920fc7d7e5c
Subproject commit cd354f066cb8b85904a2725bb93abf7c443b3fdf
dmol3 @ d7ac806d
Compare c99f640b...d7ac806d
Subproject commit c99f640b45db448ae0551f8d1f5bb629b1320463
Subproject commit d7ac806d8301d2d218fde1f59c94ba433b8ecc9f
fleur @ 05eac2c2
Compare ae86931a...05eac2c2
Subproject commit ae86931a771b057413509156f2eed00c8a344e40
Subproject commit 05eac2c24d6bc81d5e0585d46bc0e098bf4a0dd4
molcas @ 6b536f8f
Compare 92d5084c...6b536f8f
Subproject commit 92d5084cb99c23b5f41f615813ff64278d2b1aa9
Subproject commit 6b536f8f244da0fb7177d17d21543a922f7bff8f
onetep @ b932711d
Subproject commit 801fd628bbdcf6f7db32c05dd56eb682e94972e9
Subproject commit b932711d741c2457a80bf2447c180ce49c23e6c9
phonopy @ ae1f7175
Compare be07b559...ae1f7175
Subproject commit be07b5592a2da940ee31ddf02bdf63f7d556a084
Subproject commit ae1f7175bea210eff43d52a30a454f4f9acce30b
qbox @ f914e0c0
Compare 3e58c0dd...f914e0c0
Subproject commit 3e58c0dd55681c6f719b80dac3eeade2da9a3608
Subproject commit f914e0c0bafc0922ab77a4347462a15b62d2efa7
nomad/parsing/__init__.py
View file @ 131ad4a9
......@@ -375,31 +375,39 @@ parsers = [
mainfile_mime_re=r'(application/json)|(text/.*)',
mainfile_name_re=(r'.*.aptfim')
),
MissingParser(
LegacyParser(
name='parsers/qbox', code_name='qbox', domain='DFT',
parser_class_name='qboxparser.QboxParser',
mainfile_mime_re=r'(application/xml)|(text/.*)',
mainfile_contents_re=(r'http://qboxcode.org')
),
MissingParser(
LegacyParser(
name='parsers/dmol', code_name='DMol3', domain='DFT',
mainfile_name_re=r'.*\.outmol'
parser_class_name='dmol3parser.Dmol3Parser',
mainfile_name_re=r'.*\.outmol',
mainfile_contents_re=r'Materials Studio DMol\^3'
),
MissingParser(
LegacyParser(
name='parser/fleur', code_name='fleur', domain='DFT',
parser_class_name='fleurparser.FleurParser',
mainfile_contents_re=r'This output is generated by fleur.'
),
MissingParser(
LegacyParser(
name='parser/molcas', code_name='MOLCAS', domain='DFT',
parser_class_name='molcasparser.MolcasParser',
mainfile_contents_re=r'M O L C A S'
),
MissingParser(
LegacyParser(
name='parser/onetep', code_name='ONETEP', domain='DFT',
parser_class_name='onetepparser.OnetepParser',
mainfile_contents_re=r'####### # # ####### ####### ####### ######'
),
# These are supposedly octopus files, but they do not look like octopus files at all
MissingParser(
name='parser/octopus', code_name='Octopus', domain='DFT',
mainfile_name_re=r'(inp)|(.*/inp)'
),
# TODO We have migrated the wrong octopus mainfiles .. this should be removed now
# MissingParser(
# name='parser/octopus', code_name='Octopus', domain='DFT',
# mainfile_name_re=r'(inp)|(.*/inp)'
# ),
# We already have crystal with mainfile_contents_re, but this one does not always properly match
LegacyParser(
name='parsers/crystal', code_name='Crystal',
......
nomad/processing/base.py
View file @ 131ad4a9
......@@ -491,6 +491,8 @@ def proc_task(task, cls_name, self_id, func_attr):
self.fail(e)
except Exception as e:
self.fail(e)
except SystemExit as e:
self.fail(e)
finally:
if deleted is None or not deleted:
self.process_status = PROCESS_COMPLETED
......
nomad/processing/data.py
View file @ 131ad4a9
......@@ -274,6 +274,11 @@ class Calc(Proc):
'parser failed with exception', level=logging.ERROR,
exc_info=e, error=str(e), **context)
return
except SystemExit:
self.fail(
'parser raised system exit', level=logging.ERROR,
error='system exit', **context)
return
# add the non code specific calc metadata to the backend
# all other quantities have been determined by parsers/normalizers
......@@ -659,17 +664,16 @@ class Upload(Proc):
if parser is None:
logger.warn(
'no parser matches during re-process, use old parser',
calc_id=calc.calcid)
calc_id=calc.calc_id)
elif calc.parser != parser.name:
calc.parser = parser.name
logger.info(
'different parser matches during re-process, use new parser',
calc_id=calc.calcid, parser=parser.name)
calc_id=calc.calc_id, parser=parser.name)
calc.re_process_calc()
except Exception as e:
# try to remove the staging copy in failure case
staging_upload_files = self.upload_files.to_staging_upload_files()
if staging_upload_files.exist():
if staging_upload_files is not None and staging_upload_files.exists():
staging_upload_files.delete()
raise e
......
tests/data/parsers/dmol3/h2o.outmol 0 → 100644
View file @ 131ad4a9
This diff is collapsed.
tests/data/parsers/fleur/enpara 0 → 100644
View file @ 131ad4a9
energy parameters for window 1 spin 1 mix= 1.000000
atom s p d f
--> 1 3.00000 3.00000 3.00000 4.00000 change: FFFF skiplo: 0
--> 2 3.00000 3.00000 3.00000 4.00000 change: FFFF skiplo: 0
tests/data/parsers/fleur/inp 0 → 100644
View file @ 131ad4a9
strho=F,film=F,dos=F,isec1=99,ndir= 0,secvar=F
alpha Si
any any ,invs=F,zrfs=F,invs2=F,jspins=1,l_noco=F,l_J=F
0.00000000 5.16735528 5.16735528
5.16735528 0.00000000 5.16735528
5.16735528 5.16735528 0.00000000 0.00000000 1.00000000
pbe non-relativi
igrd=1,lwb=F,ndvgrd=6,idsprs=0,chng=-0.100D-11
2
**********************************
Si 14 4 8 711 2.150000 0.016000
1,force =T,nlo= 0,llo=
1.000000 1.000000 1.000000 8.000000
**********************************
Si 14 4 8 711 2.150000 0.016000
1,force =T,nlo= 0,llo=
-0.125000 -0.130000 -0.135000 1.000000
**********************************
11.100000 9.300000
vchk=F,cdinf=F,pot8=F,gw=0,numbands= 0
lpr=0,form66=F,l_f=F,eonly=F,eig66=F,soc66=T
6 6
1 0
ellow, elup, valence electrons:
-0.80000 1.00000 8.00000
3.70000 =kmax
gauss=F 0.00100tria=F
0.000000 0.000000,l_soc=F,spav=F,off=F
frcor=F,slice=F,ctail=T,disp=F,kcrel=0,u2f=F,f2u=F,bmt=F
itmax=20,maxiter= 99,imix= 7,alpha= 0.05,spinf= 2.00
swsp=F 0.00 0.00
lflip=F 1 1
vacdos=F,layers= 0,integ=F,star=F,nstars= 0 0.00 0.00 0.00 0.00,nstm=0,tworkf= 0.000000
iplot=F,score=F,plpot=F,band=F
0 0.000000 0.000000,nnne= 0,pallst=F
xa= 2.00000,thetad= 330.00000,epsdisp= 0.00001,epsforce= 0.00001
relax 111 111
emin_dos= -0.50000,emax_dos= 0.50000,sig_dos= 0.01500
nkpt= 783
tests/data/parsers/fleur/inp.xml 0 → 100644
View file @ 131ad4a9
This diff is collapsed.
tests/data/parsers/fleur/kpts 0 → 100644
View file @ 131ad4a9
365 18.0000000000
8.00000 8.00000 8.00000 2.00000
6.00000 8.00000 8.00000 2.00000
4.00000 8.00000 8.00000 2.00000
2.00000 8.00000 8.00000 2.00000
0.00000 8.00000 8.00000 2.00000
-2.00000 8.00000 8.00000 2.00000
4.00000 10.00000 10.00000 2.00000
6.00000 10.00000 10.00000 2.00000
10.00000 8.00000 8.00000 2.00000
8.00000 6.00000 8.00000 2.00000
6.00000 6.00000 8.00000 2.00000
4.00000 6.00000 8.00000 2.00000
2.00000 6.00000 8.00000 2.00000
0.00000 6.00000 8.00000 2.00000
-2.00000 6.00000 8.00000 2.00000
-4.00000 6.00000 8.00000 2.00000
12.00000 6.00000 8.00000 2.00000
10.00000 6.00000 8.00000 2.00000
8.00000 4.00000 8.00000 2.00000
6.00000 4.00000 8.00000 2.00000
4.00000 4.00000 8.00000 2.00000
2.00000 4.00000 8.00000 2.00000
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-2.00000 4.00000 8.00000 2.00000
-4.00000 4.00000 8.00000 2.00000
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10.00000 4.00000 8.00000 2.00000
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