From 1c7d78d9a99a9bab8a186212fc87fd592d97c4a6 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rachita Srivastava <rsrivastava@mpipz.mpg.de> Date: Thu, 23 Jun 2022 14:34:13 +0000 Subject: [PATCH] Update fst.sh --- Fst_calculation/fst.sh | 16 +++++++++++++++- 1 file changed, 15 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/Fst_calculation/fst.sh b/Fst_calculation/fst.sh index 8b13789..94eb38e 100644 --- a/Fst_calculation/fst.sh +++ b/Fst_calculation/fst.sh @@ -1 +1,15 @@ - +vcftools --gzvcf concat_snps_less_miss.vcf.gz --weir-fst-pop grp1 --weir-fst-pop grp2 --out grp1_grp2 +vcftools --gzvcf concat_snps_less_miss.vcf.gz --weir-fst-pop grp1 --weir-fst-pop grp3 --out grp1_grp3 +vcftools --gzvcf concat_snps_less_miss.vcf.gz --weir-fst-pop grp1 --weir-fst-pop grp4 --out grp1_grp4 +vcftools --gzvcf concat_snps_less_miss.vcf.gz --weir-fst-pop grp1 --weir-fst-pop grp5 --out grp1_grp5 +vcftools --gzvcf concat_snps_less_miss.vcf.gz --weir-fst-pop grp1 --weir-fst-pop grp6 --out grp1_grp6 +vcftools --gzvcf concat_snps_less_miss.vcf.gz --weir-fst-pop grp2 --weir-fst-pop grp3 --out grp2_grp3 +vcftools --gzvcf concat_snps_less_miss.vcf.gz --weir-fst-pop grp2 --weir-fst-pop grp4 --out grp2_grp4 +vcftools --gzvcf concat_snps_less_miss.vcf.gz --weir-fst-pop grp2 --weir-fst-pop grp5 --out grp2_grp5 +vcftools --gzvcf concat_snps_less_miss.vcf.gz --weir-fst-pop grp2 --weir-fst-pop grp6 --out grp2_grp6 +vcftools --gzvcf concat_snps_less_miss.vcf.gz --weir-fst-pop grp3 --weir-fst-pop grp4 --out grp3_grp4 +vcftools --gzvcf concat_snps_less_miss.vcf.gz --weir-fst-pop grp3 --weir-fst-pop grp5 --out grp3_grp5 +vcftools --gzvcf concat_snps_less_miss.vcf.gz --weir-fst-pop grp3 --weir-fst-pop grp6 --out grp3_grp6 +vcftools --gzvcf concat_snps_less_miss.vcf.gz --weir-fst-pop grp4 --weir-fst-pop grp5 --out grp4_grp5 +vcftools --gzvcf concat_snps_less_miss.vcf.gz --weir-fst-pop grp4 --weir-fst-pop grp6 --out grp4_grp6 +vcftools --gzvcf concat_snps_less_miss.vcf.gz --weir-fst-pop grp5 --weir-fst-pop grp6 --out grp5_grp6 -- GitLab